Algunas de las desventajas que se pueden mencionar respecto a los alimentos trnasgénicos son:
- Se genera una mayor contaminación química en diferentes aspectos del medio ambiente a causa de la producción de dichos alimentos
- Desaparición de plantas o animales por el uso excesivo de químicos
- Se puede transmitir una modificación genética a especies silvestres por las plantas tratadas genéticamente, alterando así el crecimiento natural de la flora silvestre.
- El desgaste de la riqueza mineral de los suelos es mayor.